Na program konferencji składają się referaty badaczy z Polski i Republiki Czeskiej ułożone w trzy bloki tematyczne. W pierwszym, zaplanowano omówienie polityki historycznej w Europie Środkowej, gdzie obok próby definicji przeanalizowana zostanie czeska i polska praktyka w tym względzie. Drugi blok poświęcono przedstawieniu historii relacji polsko-czeskich, ze szczególnym uwzględnieniem okresu komunistycznego. Ostatnia część konferencji obejmie analizy współczesnych stosunków między oboma państwami oraz perspektyw na przyszłość.